* Update 23 November 2020
Struktur organisasi Badan Diklat DIY berdasarkan Peraturan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 78 Tahun 2018 sebagai berikut:
Kepala Badan
Sekretariat, terdiri dari:
- Sub Bagian Umum
- Sub Bagian Keuangan
- Sub Bagian Program
Bidang Teknis Fungsional, terdiri dari:
- Sub Bidang Pelatihan Teknis
- Sub Bidang Pelatihan Fungsional
Bidang Penjenjangan, terdiri dari:
- Sub Bidang Pelatihan JPT dan Jabatan Administator
- Sub Bidang Pelatihan Jabatan Pengawas dan Latihan Dasar
Bidang Pengembangan Kemitraan dan Kerjasama, terdiri dari:
- Sub Bidang Kerjasama dan Kepesertaan
- Sub Bidang Perpustakaan
Bidang Standarisasi dan Penjaminan Mutu, terdiri dari:
- Sub Bidang Standarisasi dan Pengembangan Kediklatan
- Sub Bidang Penjaminan Mutu dan Inovasi
Kelompok Jabatan Fungsional