Struktur organisasi Badan Diklat DIY berdasarkan Peraturan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 78 Tahun 2018 sebagai berikut:

Kepala Badan

Sekretariat, terdiri dari:

  • Sub Bagian Umum
  • Sub Bagian Keuangan
  • Sub Bagian Program

Bidang Teknis Fungsional, terdiri dari:

  • Sub Bidang Pelatihan Teknis
  • Sub Bidang Pelatihan Fungsional

Bidang Penjenjangan, terdiri dari:

  • Sub Bidang Pelatihan JPT dan Jabatan Administator
  • Sub Bidang Pelatihan Jabatan Pengawas dan Latihan Dasar

Bidang Pengembangan Kemitraan dan Kerjasama, terdiri dari:

  • Sub Bidang Kerjasama dan Kepesertaan
  • Sub Bidang Perpustakaan

Bidang Standarisasi dan Penjaminan Mutu, terdiri dari:

  • Sub Bidang Standarisasi dan Pengembangan Kediklatan
  • Sub Bidang Penjaminan Mutu dan Inovasi

Kelompok Jabatan Fungsional